公元384年，毛兴死后，苻登被推举为帅。此时羌族的姚苌背叛苻坚自立，公开反对前秦，他令弟弟姚硕德全力进攻苻登所在的上邦（今甘肃天水）。苻登作为首领，他组织了一支英勇善战的队伍，因为粮草缺乏，苻登就纵容勇士们歼敌后以人肉为食。这种残酷的手段令姚苌心惊胆战，赶紧召回了弟弟，说：“你再不回来，就要被苻登吃了！”
公元386年，苻登被氐族豪帅啖青等推举为抚军大将军，都督陇右诸军事，领雍、河二州牧，称略阳公。不久苻登就在秦州大败姚苌，接着又攻占了南安等地，被哀帝苻丕复封为南安王。同年十一月，前秦哀帝苻丕被东晋的扬威将军冯该杀死。同月，苻登就在部下的拥戴下，在陇东称帝，即前秦高帝。
苻登从小就崇拜昭宣帝苻坚，将他奉若神明。他即位之后，就一心要为苻坚报仇。苻登曾专门塑了一尊苻坚像，就放在战车里。他每次作战前，都要向塑像祈祷，希望得到苻坚在天之灵的保佑。他的这种虔诚，令士兵们也很受鼓舞。苻登与后秦姚苌交战，也多次取胜，这就令苻登对苻坚更加迷信了。公元391年，苻登与姚苌多次作战，双方军士都很疲惫，却难分胜负，苻登都有些灰心了。不料第二年初，姚苌突然染病不起。苻登就厉兵秣马，等待时机。公元393年，姚苌病亡，其子姚兴即位。苻登觉得机会来了，就于第二年四月，率兵进攻姚兴屯兵的废桥，准备夺回长安。不料废桥被姚兴抢先占领了，水源也被他控制了，结果苻登的士兵竟因缺水而渴死了十之二三。姚兴抓住战机，将前秦军打得落花流水，并将苻登围困在平凉马毛山。