公元384年,毛兴死后,苻登被推举为帅。此时羌族的姚苌背叛苻坚自立,公开反对前秦,他令弟弟姚硕德全力进攻苻登所在的上邦(今甘肃天水)。苻登作为首领,他组织了一支英勇善战的队伍,因为粮草缺乏,苻登就纵容勇士们歼敌后以人肉为食。这种残酷的手段令姚苌心惊胆战,赶紧召回了弟弟,说:“你再不回来,就要被苻登吃了!”
公元386年,苻登被氐族豪帅啖青等推举为抚军大将军,都督陇右诸军事,领雍、河二州牧,称略阳公。不久苻登就在秦州大败姚苌,接着又攻占了南安等地,被哀帝苻丕复封为南安王。同年十一月,前秦哀帝苻丕被东晋的扬威将军冯该杀死。同月,苻登就在部下的拥戴下,在陇东称帝,即前秦高帝。
苻登从小就崇拜昭宣帝苻坚,将他奉若神明。他即位之后,就一心要为苻坚报仇。苻登曾专门塑了一尊苻坚像,就放在战车里。他每次作战前,都要向塑像祈祷,希望得到苻坚在天之灵的保佑。他的这种虔诚,令士兵们也很受鼓舞。苻登与后秦姚苌交战,也多次取胜,这就令苻登对苻坚更加迷信了。公元391年,苻登与姚苌多次作战,双方军士都很疲惫,却难分胜负,苻登都有些灰心了。不料第二年初,姚苌突然染病不起。苻登就厉兵秣马,等待时机。公元393年,姚苌病亡,其子姚兴即位。苻登觉得机会来了,就于第二年四月,率兵进攻姚兴屯兵的废桥,准备夺回长安。不料废桥被姚兴抢先占领了,水源也被他控制了,结果苻登的士兵竟因缺水而渴死了十之二三。姚兴抓住战机,将前秦军打得落花流水,并将苻登围困在平凉马毛山。