郑鸿逵有拥立有功，他亲人自然“一人得道，鸡犬升天”，所以除了他为侯，郑芝龙也为侯，郑芝豹、郑彩为伯爵。
隆武帝对这些拥有兵权的人不得不重用，但是，他很明白，这些粗蛮之人（郑芝龙等人出身海盗），只能作为权宜之用，真正委以重用的，还是要那些忠贞有识之士，所以他以黄道周为吏部尚书、武英殿大学士，苏观生为吏部石侍郎兼东阁大学士。
当然，那些对他有恩的人也要重用，所以他召路振飞为左都御史、吏兵二部尚书兼文渊阁大学士。
另外，他还非常重视郑芝龙的儿子郑森，赐他姓朱，名成功。
朱聿键做了皇帝后，下的第一道令是：“昔我太祖高皇帝扫荡群氛，统一区宇。成祖文皇帝燕都定鼎，威震华夷。仁涵义育，累洽重熙。何期数当阳九，天降鞠凶？昔年蓟北独深蒙难之悲，此日金陵复有南辕之恨。孤愁凉德，雪耻未遑，念切同仇，请缨有志。今尔臣民连笺劝进，至再至三。谓寇迫杭城，人无固志，贼臣有屈膝之议，举国同蒙面之羞。孤览斯言，抚膺陨涕，痛统绪之几坠，怅天下之无君。孤不得已，俯顺舆情，允从监国，谨于六月二十八日朝见臣民于建安。收拾余烬，恢复南都。张皇六师，迎还玉辂。萃皇灵于涣散之后，出百姓于汤火之余。”