孙承宗是天启的老师，在朝中地位是很高的，身为东林党人的他，在魏忠贤横扫天下的时候竟可以独善其身没被扳倒，可见天启对他的看重。此次孙承宗注意到了袁崇焕的主张，当大家都对驻守办法举棋不定的时候，孙承宗认为袁有一定道理，便从内阁出面，主动要求去山海关考察实情再做最后定夺。当时辽东形势危急，孙承宗愿意勇挑重担天启感到格外欣慰，很快就批准了他的要求。孙承宗到达辽东以后，经过慎重的考察，得出了“袁崇焕是对的”的结论，他便将调研结果上报给朝廷，希望皇帝可以支持他们在辽东修筑以宁远为中心的“关宁锦防线”。天启果然答应了他的请求，天启二年（公元1622年），孙承宗就以兵部尚书兼东阁大学士的身份，调任辽东经略，督管从山东、天津一直到辽宁一条线上所有军务，孙承宗还得到了天启御赐的尚方宝剑，以便在当地见机行事。他十分欣赏袁崇焕固守宁远的看法，所以一到辽东就开始按照原定的计划着手修筑关宁锦防线。
关宁锦防线，顾名思义就是以山海关为后盾，宁远为中心过渡，锦州为前线屏障的一条线性防御工事。要想关宁锦防线固若金汤，最重要的中心宁远城就成了孙承宗们首先关注的重点，他首先派祖大寿领五千人在此一边驻守一边修葺城墙，又让袁崇焕和满桂亲自督办宁远城火炮安置工作。孙承宗和袁崇焕看上的宁远，这个地方地形很特殊，环山环海，易守难攻，不远处还有一个觉华岛可作为照应点，在这里筑城只要不是豆腐渣工程，防个四五次强攻应该都没什么问题。后来事实果然证明，关宁锦防线稳如泰山，清军直到进了北京城的时候都没破了这道壁垒（他们是绕过去的）。然而在宁远城修得热火朝天的时候，孙大人却有麻烦了。还是党争那摊子破事，因为他是向着东林党方向的，魏公公自然看他不顺眼，但是天启护着孙老师啊，魏公公一直也没什么办法。这次趁孙承宗远离中央，他命令他的党羽拿出一贯的党争策略对付孙承宗：那就是骂。要说晚明这言官是威力真不小，一波一波阉党党员轮番在中央讲孙大人的坏话，而能帮孙老师骂回去的东林同志早就被魏公公铲得干净了，虽然天启没具体表示什么，但是受到多方排挤的孙承宗在此逼迫下，不得不提出了辞呈，告老还乡。走的时候，他表示虽然他本人很相信袁崇焕能处理好辽东事务，但也有一分马蹄南去人北望的忧虑，毕竟从此这里就剩下袁大人了，一旦要是有人想要谋害他，他势单力薄怕是应付不过来。